莱尔被卢·麦卡里取代。 执掌不到一年的马卡里西汉姆足球俱乐部，在执教斯温顿镇期间因涉嫌非法赌博而选择辞职，以洗清自己的罪名。 前球员比利·邦兹正式成为球队的主教练。 1990-91赛季，邦兹首次亮相

西汉姆联足球俱乐部率领球队并帮助球队重返英甲联赛。 然而，他们在次年降级回乙级联赛。 同年，由于英超联赛的诞生，英格兰职业足球联赛体系进行了全面调整，英格兰乙级联赛也更名为英格兰甲级联赛。 1992-93赛季，西汉姆联队在英格兰甲级联赛中获得第二名，并于次年重返英超联赛。

1994年8月，哈里·雷德克纳普取代了邦兹。 1998-99赛季，他带领球队获得英超第五名西汉姆足球俱乐部，距离联盟杯资格仅一步之遥。 最终，西汉姆联凭借国际托托杯的胜利，晋级联盟杯。 虽然在领导期间，球队的表现还是稳定的。 但由于与俱乐部管理层意见分歧。 2000-01赛季开始前，雷德克纳普宣布辞职。 接替他的是年轻的格伦·罗德尔，后者刚刚从青年队教练的位置上晋升。

罗德尔执教的第一个赛季，西汉姆联队在英超联赛中获得第七名。 然而球队遭遇一系列惨败，比如1-7输给布莱克本、0-5输给埃弗顿、1-5输给切尔西等。 接下来的赛季西汉姆联队开局不佳西汉姆足球俱乐部，最终降级。 由于英超采用38轮赛制，西汉姆联的42个英超积分是所有降级球队中最高的。 罗德尔因脑瘤需要治疗而缺席了部分赛季。 2003年8月24日，罗德尔终止了与俱乐部的合同。 此时，英格兰锦标赛已进入第三轮。

此前在罗德尔缺席期间担任主教练的特雷弗·布鲁金（ ）临时接管了球队。 2003年10月，阿兰·帕杜（Alan）成为球队新任主教练。 西汉姆联曾一度接近联赛领头羊雷丁足球俱乐部，但最终不得不参加升级附加赛。 最终他们被水晶宫足球俱乐部击败，只能留在英冠联赛中。 次年他们再次杀入升级附加赛决赛，以1-0击败普雷斯顿足球俱乐部，最终重返英超。